โรงเรียนพระแม่มารีประจวบคีรีขันธ์  มีภาระหน้าที่ที่จะพัฒนากระบวนการเรียนการสอน และการบริหารจัดการให้นักเรียนทุกคนมีความรู้  ความสามารถในด้านวิชาการ  สามารถวิเคราะห์และแก้ไขปัญหาด้วยตนเอง เป็นผู้มีคุณธรรมจริยธรรม เป็นเยาวชนที่ดีอยู่ในสังคมได้อย่างมีความสุข จึงได้กำหนดพันธกิจในการพัฒนาคุณภาพการดำเนินงานของโรงเรียน ดังนี้

1.  ด้านคุณภาพผู้เรียน
           - จัดกิจกรรมส่งเสริมให้ผู้เรียนมีความรู้และทักษะที่จำเป็นตามหลักสูตร 
           - จัดกิจกรรมส่งเสริมให้ผู้เรียนมีความสามารถในการคิดอย่างเป็นระบบคิดสร้างสรรค์และแก้ปัญหาได้ อย่างมีสติ   
           - จัดกิจกรรมส่งเสริมให้ผู้เรียนมีคุณธรรมพื้นฐานของมนุษย์  คุณธรรมทางศาสนาและคุณธรรมเทว วิทยา 
             และค่านิยมที่พึงประสงค์มีทักษะในการแสวงหาความรู้ด้วยตนเอง รักการเรียนรู้และพัฒนาตนเองอย่างต่อเนื่อง
           - จัดกิจกรรมส่งเสริมให้ผู้เรียนมีความสามารถใน มีทักษะในการทำงาน รักการทำงาน สามารถทำงาน
                      ร่วมกับผู้อื่นได้ และมีเจตคติที่ดีต่ออาชีพสุจริต
2.  ด้านคุณภาพการจัดการศึกษา
           - ส่งเสริมและพัฒนาสถานศึกษาให้มีการจัดหลักสูตรและกระบวนการเรียนการสอน ที่เน้นผู้เรียนเป็นสำคัญ
           - ส่งเสริมและสนับสนุนให้สถานศึกษามีระบบการบริหาร การจัดการอย่างมีคุณภาพและมีเอกลักษณ์ของโรงเรียนคาทอลิก
3.  ด้านการสร้างสังคมแห่งการเรียนรู้
           - ส่งเสริม และพัฒนาให้โรงเรียนเป็นสังคมแห่งการเรียนรู้ มีการจัดกิจกรรมส่งเสริมคุณภาพผู้เรียน อย่างหลากหลายโดยชุมชนมีส่วนร่วม
           - จัดสภาพแวดล้อมตามอัตลักษณ์ของโรงเรียน และการบริการที่ส่งเสริมให้ผู้เรียนพัฒนาเต็มศักยภาพ 
4.  ด้านอัตลักษณ์ของสถานศึกษา
           - จัดโครงการ  กิจกรรมที่พัฒนาและส่งเสริมให้ผู้เรียนบรรลุเป้าหมายตามวิสัยทัศน์  ปรัชญา และจุดเน้นที่กำหนด
5. ด้านมาตรการส่งเสริม
           - ส่งเสริม และสนับสนุนการจัดกิจกรรมตามนโยบาย จุดเน้น แนวทางการปฏิรูปการศึกษาเพื่อยกระดับคุณภาพของโรงเรียน